石蠟切片是最基本的切片技術，冰凍切片和超薄切片等都是在石蠟切片基礎上發展起來的。 詳細操作步驟：
A 材料預處理：材料切割成適當大小總體積不超過1cm?，例如葉片切成邊長3mm~5mm的方塊，放入帶塞小瓶或離心管48h以上。（瓶中事先裝入適量F.P.A.固定液，要淹沒材料，若是材料浮在液面上，可用棉花將材料壓到液面下。）
B 梯度酒精脫水：根和莖：50% 3h，70%2h，85%1h，95% 30min，無水乙醇30min。（葉片：50% 3h，70% 12h，85% 1h，95% 1h，無水乙醇1h。）
C 透明：根和莖：純二甲苯/無水乙醇=1：1（V：V）處理2h，純二甲苯處理1h。（葉片：酒精：二甲苯=1:2處理1h，酒精：二甲苯=1:1處理1h，純二甲苯處理1.5h，于30℃，70r/min的搖床中）（浸到組織塊透明，若不透明，則純二甲苯再處理1次；材料若是變脆的話，可在透明步驟適當減少透明時間）。
D 浸蠟：根和莖：將上述材料連同純二甲苯一起轉入兩倍體積的純石蠟溶液中，放置于55℃烘箱中24h，使石蠟不凝固沉淀即可。之后將材料用鑷子輕輕夾起放入純石蠟中繼續浸蠟24h。（葉片：25%石蠟60℃ 1h，50%石蠟60℃ 1h，75%石蠟60℃ 1h，純石蠟60℃ 10h）
E 包埋：將浸好的材料轉移到已溶解的純石蠟中進行包埋。包埋時有專門的包埋模具，先將熔化的純石蠟倒入模具中，石蠟適當溢出模具中央的槽子，以便于后期取蠟塊；之后用酒精燈已燒熱的鑷子先在浸有材料的石蠟溶液的冷卻一下，之后再將材料夾到包埋槽中進行包埋；隨后將包埋槽置于4℃左右的冰水中迅速冷卻，若出現裂紋，此時就需要重新包埋，步驟同上。
F 修蠟：將包埋有材料的蠟塊多余部分切掉即可。
G 切片：將蠟塊固定在蠟座上，將蠟塊放在蠟座上，用手稍微固定，再用酒精燈燒熱的鑷子沿著蠟塊周圍熔化石蠟，之后等石蠟冷卻即可將蠟塊固定在蠟座上。調整好切片厚度（根莖25um；葉≥95um（葉片包埋的方法不同于其他）；肉質根及側根切片厚度12um。）與刀片角度（6°~8°）即可切片，完整的切片應該是材料在單個蠟片上，不能有褶皺。
H 貼片與撈片：在干凈的載玻片上涂上一層薄的明膠黏貼劑，一般40℃烘箱過夜。將蠟條置于40℃蒸餾水中撈片，之后同樣置于40℃烘箱過夜。明膠黏貼劑配方：明膠1g，苯酚2g，蒸餾水100ml，丙三醇15ml。配法：明膠和蒸餾水一起倒入燒杯中加熱，明膠熔了即可停止加熱，之后再加2g苯酚和15ml丙三醇，攪拌至全溶，紗布過濾，貯存于有蓋瓶中備用。
I 去蠟：純二甲苯20min，純二甲苯/無水乙醇=1：1（V：V）10min，純二甲苯/無水乙醇=1：2（V：V）5min。
復水-番紅染色-復水-固綠染色-封片：純酒精30s，95%酒精30s，85%酒精30s，70%酒精30s，60%酒精15s，1%番紅染色12~24h，70%酒精15s，85%酒精15s，固綠染色30s ，95%酒精15s，純酒精15s，酒精：二甲苯=2:1處理2min，酒精：二甲苯=1:1處理2min，純二甲苯5min，最后中性樹膠封片
注意事項：
1%番紅染液配方：番紅1g，≥50%酒精100ml，定量濾紙過濾備用/其實質量好的番紅不過濾直接用也行。
0.1%固綠染液配方：固綠0.1g，95%酒精100ml，定量濾紙過濾備用/其實質量好的番紅不過濾直接用也行。
脫水與固綠染色：50%酒精20~30s（此時換用稍大一些的燒杯，番紅染色的載玻片上沾有大量翻紅酒液，此時可在大燒杯中洗去載玻片上多余的染色液，以免后續酒精溶液被染色），70酒精20~30s，85酒精20~30s，95%酒精固綠染色10~15s，95%酒精20~30s（此時95%酒精也可用大一些的燒杯重新配，以便洗去載玻片上多余固綠染液），純酒精20~30s。（材料在高酒精濃度中浸泡時間不宜過長，以免使材料過度脫水造成組織結構變形）
封片：在載玻片上的材料處滴加適量中性樹膠，再蓋上蓋玻片封片，自然烘干即可顯微觀察。（蓋蓋玻片時，先將蓋玻片一邊固定，對邊緩緩下降，可減少氣泡產生）。
