原理:
剛果紅能與培養基中的纖維素形成紅色復合物。當纖維素被纖維素酶分解后，剛果紅——纖維素的復合物便沒法形成，培養基中會出現以纖維素分解菌為中心的透明圈，通過是否產生透明圈來篩選纖維素分解菌

方法:
常用的剛果紅染色法有兩種
方法一,先培養微生物，再加入剛果紅進行顏色反應
在長出菌落的培養基上，覆蓋質量濃度為1 mg/mI。的CR溶液，10～15 min后，倒去CR溶液，加入物質的量濃度為l mol/l的NaCI溶液，15 min后倒掉NaCl溶液，此時，產生纖維素酶的菌落周圍將會出現透明圈。
（加NaCl的原因：剛果紅是結合到培養基的多糖底物，但分解纖維素的細菌可以產纖維素酶，能分解這個多糖底物成為寡糖，這樣剛果紅就不能結合上去了，氯化鈉就可以使結合不牢的剛果紅洗去，這樣就留下大小不一的透明圈，大的透明圈分解纖維素的能力就強）

方法二，在倒平板時就加入剛果紅
配制質量濃度為10 mg/mI的CR溶液，滅菌后，按照每200 mI。培養基加入1 mI。的比例加入CR溶液，混勻后倒平板。等培養基上長出茵落后，產生纖維素酶的菌落周圍將會出現明顯的透明圈 [1]

兩種剛果紅染色法的比較 : 剛果紅在篩選纖維素分解菌上的應用已經有超過20年的歷史，課本中給出了兩種方法。
方法一是傳統的方法，
優點：這樣顯示出的顏色反應基本上是纖維素分解菌的作用。
缺點：操作繁瑣，加入剛果紅溶液會使菌落之間發生混雜；
方法二
優點：操作簡便，不存在菌落混雜問題，
缺點1：由于在纖維素粉和瓊脂、土豆汁中都含有淀粉類物質，可以使能夠產生淀粉酶的微生物出現假陽性反應。但這種只產生淀粉酶的微生物產生的透明圈較為模糊，因為培養基中纖維素占主要地位，因此可以與纖維素酶產生的透明圈相區分。
缺點2：有些微生物具有降解色素的能力，它們在長時間培養過程中會降解剛果紅而形成明顯的透明圈，與纖維素分解菌不易區分

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